Benjamin Gratz Brown était né à Lexington, dans le Kentucky, s'un père homme de loi. Diplômé de Yale, il suivit des études juridiques à Louisville et fut admis au barreau en 1849. A partir de ce moment, il travailla dans une étude à Saint Louis en compagnie de ses cousins Montgomery et Frank Blair. En 1858, il épousa Marie Gunn dont il eut huit enfants.

La famille Brown du Kentucky était propriétaire d'esclaves, cependant il acquit assez rapidement l'opinion qu'il était souhaitable de leur accorder progressivement l'émancipation et de raccompagner vers l'Afrique les esclaves ainsi affranchis. En conséquence, Brown adhéra à la faction démocrate et anti-esclavagiste du Senateur Thomas Hart Benton du Missouri. Avec son cousin Frank Blair, il acheta à St Louis un journal qu'il rebaptisa " Le Missouri Démocrate" dans lequel il s'exprima contre l'expanson de l'esclavage aux nouveaux territoires. En 1854, il en devint le rédacteur en chef.

Brown entra en politique au cours de l'année 1852 lorsque la communauté germanique et antiesclavagiste qui l'avait coopté l'aida à remporter un siège à la législature de l'Etat. En 1856, au cours d'un duel au pistolet avec Thomas Reynolds, leader de la faction favorable à l'esclavage, il fut blessé au genou et il en garda une claudication permanente. Pressé pour des raisons inconnues par son cousin et partenaire d'abandonner le journalisme, Brown changea d'activité et établit à St Louis la première compagnie de tramways.

En 1860, il adhéra au Parti Républicain. Il assista à la Convention de Chicago où il soutint d'abord fidèlement Edward Bates, le candidat favori du Missouri avant d'accorder finalement sa voix avec enthousiasme à Abraham Lincoln de l'Illinois. Au début de la guerre civile, il devint colonel d'un régiment de volontaires mais il ne prit part à aucune action et ne se réengagea pas. Il soutint puissament l'ordre d'émancipation immédiate pris par le General Fremont dans le Missouri. Comme celui-ci avait été abrogé par le président Lincoln, il reprit du service dans le journalisme. Dans les pages du Missouri Democrat, il se fit le chantre de l'émancipation immédiate des gens de couleur.