Nathaniel Banks naquit le 30 janvier 1816 à Waltham, Massachusetts. On ne connait pas grand chose de sa jeunesse. On sait simplement qu'il vécut dans un milieu social de classe moyenne et qu'il reçut une éducation scolaire modeste.Il travailla dans la filature de coton dont son père etait le gestionnnaire, ce qui lui valut plus tard le surnom de "bobine boy du masschusetts".

A 33 ans, en 1849, il entama une carrière politique locale jusqu'en 1852. A cette époque il fut élu Speaker de la chambre des représentant de son état. L'année suivante (1853), il postula avec succès à la chambre des représentants des Etats Unis. Il fut élu au trente-troisième congrès en tant que démocrate. Au cours de la législature suivante, les électeurs du cinquième district du Massachussets lui renouvelèrent leur confiance. Cette fois, il concourrut sous la bannière de l'American Party (Know Nothing). En 1855, ses pairs de la chambre l'élirent comme Speaker au cours d'un vote disputé qui dura près de 2 mois et 133 scrutins. Lors du vote pour la trente-cinquième législature, il fut élu comme républicain mais il n'alla pas jusqu'au bout de son mandat. Il démissionna en 1857 pour devenir Gouverneur du Massachusetts.

A ce point de sa carrière, Banks pouvait être considéré comme une des figures majeures de la politique américaine et ses ambitions en vue de la magistrature suprême n'étaient pas usurpées. Cependant le décalage de vues avec les radicaux était tel que son image à l'intérieur du parti Républicain en fut considérablement dégradée. Banks décida de ne pas concrétiser ses aspirations à la présidence, Lincoln remporta donc la candidature.

En 1861, à la fin de son terme de gouveneur, Nathaniel Banks s'engagea dans l'armée de l'union avec le grade de Major Général. Son rôle fut essentiellement politique et il resta la plupart du temps éloigné des grands champs de bataille. Son principal commandement l'amena à succéder au Général Benjamin Butler à la tête du département du Golfe à la Nouvelle Orléans. Il y reçut les remerciements du congrès pour sa prise de Port HUdson. En Août 1865, Banks fut relevé honorablement de son service et il reprit ses activités politiques à la chambre des représentants pendant 4 termes consécutifs (1865-1873).

En 1872, il ouvrit la parenthèse Libérale Republicaine au cours de laquelle il reçut 5 voix en tant que candidat à la vice présidence. Il réintégra le giron républicain en 1875 mais sa carrière politique marqua le pas (échecs en 1879 et 1890). Sa dernière grande mission fut son nomination comme marshall des Etats Unis (1879-1888).

Usé par une santé déteriorée, il se retira de la vie politique et mourut à Waltham, Comté du Middlesex, Massachusetts le 1er septembre 1894